Operational Taxonomic Unit

Définition

Une uni­té taxo­no­mique fonc­tion­nelle (Operational Taxonomic Unit en anglais ; OTU) est une défi­ni­tion per­met­tant de regrou­per des orga­nismes avec des carac­té­ris­tiques proches. Le terme OTU per­met de regrou­per ces orga­nismes en évi­tant d’u­ti­li­ser des termes liés au rang taxo­no­mique (par exemple genres, espèces, souches). Cela est utile en micro­bio­lo­gie où le rang taxo­no­mique d’es­pèce est dif­fi­cile à défi­nir pour les bactéries.

Cette défi­ni­tion est beau­coup uti­li­sée en éco­lo­gie micro­bienne pour regrou­per des séquences d’ADN proches. Dans ce cas, on peut regrou­per ensemble des séquences d’ADN très proches en sup­po­sant qu’elles viennent d’un seul orga­nisme qui est ain­si nom­mer OTU. Au contraire, deux séquences d’ADN très éloi­gnées vont for­mer deux OTU sépa­rés. Pour étu­dier la diver­si­té des bac­té­ries, on uti­lise sou­vent le gène de l’ADNr 16S. Lorsque deux séquences de ce gène sont simi­laires à plus de 97 % on consi­dère qu’elles viennent de la même espèce bac­té­rienne. Le pour­cen­tage de simi­la­ri­té, entre les séquences, uti­li­sé peut varier selon les études.

Références bibliographiques

Galimberti, A., Spada, M., Russo, D., Mucedda, M., Agnelli, P., Crottini, A., … Casiraghi, M. (2012). Integrated Operational Taxonomic Units (IOTUs) in echo­lo­ca­ting bats : A bridge bet­ween mole­cu­lar and tra­di­tio­nal taxo­no­my. PLoS ONE, 7(6), e40122. doi:10.1371/journal.pone.0040122 (lien)

Mysara, M., Vandamme, P., Props, R., Kerckhof, F.-M., Leys, N., Boon, N., … Monsieurs, P. (2017). Reconciliation bet­ween ope­ra­tio­nal taxo­no­mic units and spe­cies boun­da­ries. FEMS Microbiology Ecology, 93(4). doi:10.1093/femsec/fix029 (lien)