Définition
Une unité taxonomique fonctionnelle (Operational Taxonomic Unit en anglais ; OTU) est une définition permettant de regrouper des organismes avec des caractéristiques proches. Le terme OTU permet de regrouper ces organismes en évitant d’utiliser des termes liés au rang taxonomique (par exemple genres, espèces, souches). Cela est utile en microbiologie où le rang taxonomique d’espèce est difficile à définir pour les bactéries.
Cette définition est beaucoup utilisée en écologie microbienne pour regrouper des séquences d’ADN proches. Dans ce cas, on peut regrouper ensemble des séquences d’ADN très proches en supposant qu’elles viennent d’un seul organisme qui est ainsi nommer OTU. Au contraire, deux séquences d’ADN très éloignées vont former deux OTU séparés. Pour étudier la diversité des bactéries, on utilise souvent le gène de l’ADNr 16S. Lorsque deux séquences de ce gène sont similaires à plus de 97 % on considère qu’elles viennent de la même espèce bactérienne. Le pourcentage de similarité, entre les séquences, utilisé peut varier selon les études.
Références bibliographiques
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