Comment nommer une bactérie ?

Pouvoir nom­mer et clas­ser cor­rec­te­ment une bac­té­rie est impor­tant pour faci­li­ter la recherche scien­ti­fique. Dans le cadre médi­cal, il est aus­si inté­res­sant que des cher­cheurs, méde­cins, phar­ma­ciens nomment les bac­té­ries de la même façon pour évi­ter des confu­sions. Ce clas­se­ment est appe­lé taxonomie.

Comment nommer une bactérie de façon scientifique ?

Les bac­té­ries sont géné­ra­le­ment appe­lées par le nom de genre et d’es­pèce. Les deux sont écrits en ita­lique (ex : Escherichia coli). Le nom de genre est tou­jours écrit avec une majus­cule et peut être abré­gé avec sa lettre ini­tiale (ex : E. coli). Un nom de souche peut être ajou­té après le nom d’es­pèce (ex : E. coli BL21). Le nom d’es­pèce peut être rem­pla­cé par l’a­bré­via­tion sp. (spe­cies) lorsque la bac­té­rie n’a pas encore été décrite.

Nom vernaculaire

Les bac­té­ries peuvent aus­si être nom­mées par un nom ver­na­cu­laire (ou com­mun). Ces noms font par­tie du lan­gage cou­rant. Ils sont moins pré­cis que la nomen­cla­ture scien­ti­fique. Par exemple, Escherichia coli est éga­le­ment appe­lé coli­ba­cille tan­dis que Staphylococcus aureus est nom­mé sta­phy­lo­coque doré.

Donner un nom à une nouvelle bactérie

Lors de la décou­verte d’une nou­velle bac­té­rie, les scien­ti­fiques peuvent pro­po­ser un nom pour celle-ci. Une liste offi­cielle regroupe l’en­semble des noms de bac­té­ries. Ces noms sont sou­mis à un ensemble de règles défi­nies par le comi­té inter­na­tio­nal de sys­té­ma­tique des pro­ca­ryotes (International Committee on Systematics of Prokaryotes ; ICSP). La des­crip­tion de nou­velles bac­té­ries se fait géné­ra­le­ment dans le jour­nal scien­ti­fique International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.

Changement de nom

Selon l’a­van­ce­ment des recherches scien­ti­fiques, la nomen­cla­ture des bac­té­ries peut évoluer.

Candidatus

Le terme “Candidatus” peut être ajou­té en amont du nom bino­miale d’une espèce bac­té­rienne dont il manque des infor­ma­tions pour une des­crip­tion offi­cielle. Cela est notam­ment uti­li­sé avec des bac­té­ries pour les­quelles on pos­sède des infor­ma­tions mais que l’on n’ar­rive pas encore à culti­ver. Dans ce cas, seul le mot “Candidatus” est écrit en ita­lique tan­dis que le reste du nom est écrit droit sans ita­lique. Par exemple “Candidatus Midichloria mito­chon­drii”.

Référence bibliographique

Murray, R. G. E., & Stackebrandt, E. (1995). Taxonomic note : Implementation of the pro­vi­sio­nal sta­tus Candidatus for incom­ple­te­ly des­cri­bed Procaryotes. International Journal of Systematic Bacteriology, 45(1), 186187. doi:10.1099/00207713451186 (lien)

Parker, C. T., Tindall, B. J., & Garrity G. M. (2019) International code of nomen­cla­ture of Prokaryotes : Prokaryotic Code (2008 Revision). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2019;69:S1111. doi​.org/​10​.​1099​/​i​j​s​e​m​.​0​.​000778 (lien)

Pallen, M. J., Telatin, A., & Oren, A. (2020). The next mil­lion names for archaea and bac­te­ria. Trends in Microbiology. doi:10.1016/j.tim.2020.10.009 (lien)