Microbiome

Définition

Le micro­biome désigne l’en­semble des micro-orga­nismes (bac­té­ries, archées, virus, cham­pi­gnons et pro­to­zoaires) qui colo­nise un habi­tat (niche éco­lo­gique avec des pro­prié­tés phy­si­co-chi­miques défi­nies). On peut par exemple par­ler du micro­biome intes­ti­nal, du micro­biome d’une plante, du micro­biome d’un sol, … Les orga­nismes qui com­posent le micro­biome sont appe­lés microbiotes. 

Termes associés au microbiome

Le micro­biome étant com­po­sé de l’en­semble des micro-orga­nismes d’un habi­tat, des termes spé­ci­fiques peuvent être uti­li­sés pour dési­gner une par­tie seule­ment des micro-orga­nismes. Par exemple le myco­biome désigne l’en­semble des mycètes tan­dis que le virome cor­res­pond aux virus.

Bibliographie

Berg, G., Rybakova, D., Fischer, D., Cernava, T., Vergès, M. C., Charles, T., Chen, X., Cocolin, L., Eversole, K., Corral, G. H., Kazou, M., Kinkel, L., Lange, L., Lima, N., Loy, A., Macklin, J. A., Maguin, E., Mauchline, T., McClure, R., Mitter, B., … Schloter, M. (2020). Microbiome defi­ni­tion re-visi­ted : old concepts and new chal­lenges. Microbiome, 8(1), 103. https://doi.org/10.1186/s40168-020008750 (lien)

Nilsson, R. H., Anslan, S., Bahram, M., Wurzbacher, C., Baldrian, P., & Tedersoo, L. (2018). Mycobiome diver­si­ty : high-through­put sequen­cing and iden­ti­fi­ca­tion of fun­gi. Nature Reviews Microbiology. doi:10.1038/s41579-0180116‑y (lien)

Ursell, L. K., Metcalf, J. L., Parfrey, L. W., & Knight, R. (2012). Defining the human micro­biome. Nutrition Reviews, 70, S38–S44. doi:10.1111/j.17534887.2012.00493.x (lien)

Zárate, S., Taboada, B., Yocupicio-Monroy, M., & Arias, C. F. (2017). Human virome. Archives of Medical Research, 48(8), 701716. doi:10.1016/j.arcmed.2018.01.005 (lien)