Définition
Le microbiome désigne l’ensemble des micro-organismes (bactéries, archées, virus, champignons et protozoaires) qui colonise un habitat (niche écologique avec des propriétés physico-chimiques définies). On peut par exemple parler du microbiome intestinal, du microbiome d’une plante, du microbiome d’un sol, … Les organismes qui composent le microbiome sont appelés microbiotes.
Termes associés au microbiome
Le microbiome étant composé de l’ensemble des micro-organismes d’un habitat, des termes spécifiques peuvent être utilisés pour désigner une partie seulement des micro-organismes. Par exemple le mycobiome désigne l’ensemble des mycètes tandis que le virome correspond aux virus.
Bibliographie
Berg, G., Rybakova, D., Fischer, D., Cernava, T., Vergès, M. C., Charles, T., Chen, X., Cocolin, L., Eversole, K., Corral, G. H., Kazou, M., Kinkel, L., Lange, L., Lima, N., Loy, A., Macklin, J. A., Maguin, E., Mauchline, T., McClure, R., Mitter, B., … Schloter, M. (2020). Microbiome definition re-visited : old concepts and new challenges. Microbiome, 8(1), 103. https://doi.org/10.1186/s40168-020–00875‑0 (lien)
Nilsson, R. H., Anslan, S., Bahram, M., Wurzbacher, C., Baldrian, P., & Tedersoo, L. (2018). Mycobiome diversity : high-throughput sequencing and identification of fungi. Nature Reviews Microbiology. doi:10.1038/s41579-018‑0116‑y (lien)
Ursell, L. K., Metcalf, J. L., Parfrey, L. W., & Knight, R. (2012). Defining the human microbiome. Nutrition Reviews, 70, S38–S44. doi:10.1111/j.1753–4887.2012.00493.x (lien)
Zárate, S., Taboada, B., Yocupicio-Monroy, M., & Arias, C. F. (2017). Human virome. Archives of Medical Research, 48(8), 701–716. doi:10.1016/j.arcmed.2018.01.005 (lien)